病気や痛みは血流が停滞、または流れが止まった箇所に発症します。
血流が悪くなると血圧を上げて血液を流そうとして血管が膨らみ、
この時に痛みが始まります。

もし、初めて照射して痛みが起きたのなら近辺に大きな血液の停滞箇所があったはずです。
また、しばらく照射した実績があって痛みが生じたのであれば、

それは全身の血流の改善が始まった途中であったからです。

この時どうか怖がらずに照射し続けてください。
痛みには密着照射が最適です。